Sieben Core Facilities am ZMF (Molekularbiologie, Computergestützte Bioanalytik, Bioimaging & Durchflusszytometrie, Massenspektrometrie, Ultrastrukturanalyse, Clinical Trial Unit, Wissenschaftliche Werkstätte) bieten Zugang zu Instrumenten, Technologien, Methoden, Dienstleistungen sowie Expert*innenberatung und weitere Dienstleistungen für wissenschaftliche und klinische Forscher*innen.
Erhebliche Anstrengungen wurden in die Entwicklung einer modularen Organisationsstruktur investiert, um die Effektivität zu maximieren. Um eine maximale Effektivität zu gewährleisten, werden die Projektanträge von einer unabhängigen Kommission geprüft. Bei Bewilligung wird klinischen Forschungsgruppen für die Dauer der Projektfinanzierungsperiode Zugang gewährt. Neben den einem Projekt direkt zugeordneten Labors, kann jede weitere Infrastruktur am ZMF (Isotopenlabor, Zellkulturlabors SL2 und SL3, Immunhistochemie-Einheit usw.) vom Projektpersonal – nach entsprechender Sicherheitsunterweisung - genutzt werden.